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一般除了泉水和地下深井水可以直接饮用，其他的水都应该消毒后使用。在净化打井的井水的过程中，应去除水质中所含的多余杂质，硬水是井水中的一部分，其中钠，镁和氟化物的含量过多，喝硬水更容易患上结石病。如果打的水井作为家用，比较简便的方法是可以使用砂缸首先沉淀杂质，然后使用陶瓷芯的净水器。
如果需要一次对大量的井水净化，可以采用活性炭或者明矾对大颗粒的杂质进行去除，然后用氯气或漂白粉，并且在饮用前进行煮沸。除此之外还可以使用净水药片或医用碘酒进行消毒，但要按照一定的比例加入，加入后要有一定的放置时间才能饮用。平常也可以用醋代替消毒，将醋水倒入纯净水中，搅拌均匀，静置30分钟，然后饮用，但井水会有醋的酸味。